男性性欲低下的病因很復雜，所有嚴重的全身性疾病、慢性疾病、過度疲勞，都可以降低性興奮，導致性欲低下。但實際上這類患者性欲減退只不過是病變的早期表現，其大多數都會出現其他性功能障礙。
許多內分泌疾病，如艾迪生病、庫欣綜合征、高泌乳事宜素血癥、垂體功能減退、甲狀腺功能減退等都可引起男性性欲低下。遺傳性疾病，如克氏綜合征等曰肝臟疾病，如慢性活動性肝炎、肝硬化等。曰營養代謝性疾病，如低血糖、低血鉀、糖尿病、營養不良曰其他如慢性腎功能衰竭、充血性心力衰竭、腦部腫瘤、腦血管疾病、慢性阻塞性肺部疾病、膠原性疾病、寄生蟲感染、前列腺炎、惡性腫瘤等許多疾病都能引起男性性欲低下。
除上述器質性疾病可導致男性性欲低下外，性知識缺乏、精神情緒不佳也是導致男性性欲低下的重要原因。
